enzymy, které katalysují hydrolytické štěpení nukleových kyselin uvnitř řetězce. Endonuklesy s relativně malou specifitou se účastní procesu trávení. Naopak, tzv. restrikční endonukleasy prokaryotního původu (viz restrikčně-modifikační systém) štěpí řetězce DNA v místě s určitým sledem basí, obvykle palindromního charakteru (viz palindromní sekvence); využívají se v genovém inženýrství pro cílené štěpení DNA. Za objev restrikčních enzymů (endonukleas) a jejich aplikaci v molekulové genetice získali roku 1978
W.Arber, D.Nathans a H.O.Smith Nobelovu cenu.