Biochemický slovník
Biochemický slovník
Speciální | A | Á | B | C | Č | D | Ď | E | É | Ě | F | G | H | CH | I | Í | J | K | L | M | N | Ň | O | Ó | P | Q | R | Ř | S | Š | T | Ť | U | Ú | Ů | V | W | X | Y | Ý | Z | Ž | VŠE
V |
---|
váček potaženýtéž opláštěný váček, angl. coated vesicle nebo coated pit, přechodná organela vznikající
endocytózou. Je tvořena odškrcenou buněčnou membránou obalenou (potaženou) vrstvou zpolymerovaného klathrinu. Následným rozpuštěním klathrinové sítě pak vzniká nepotažený (holý) váček. Společný název pro tyto útvary je endosom. | |
váček sekrečníangl. secretion vesicle, přechodný útvar předurčený k tomu, aby po splynutí s
plasmatickou membránou vylil svůj obsah do extracelulárního prostoru, čímž dojde k exocytóze (vesikulární transport). Sekreční váčky primárně vznikají odškrcením z endoplasmatického retikula nebo Golgiho komplexu. Tímto způsobem jsou sekretovány např. trávicí enzymy, bílkovinné hormony nebo neurotransmitery. | |
vady vrozené metabolickéangl. inherited metabolic disorders, dědičné vady vedoucí ke specifickým poruchám
metabolismu nejčastěji proto, že některý enzym je nedostatečně aktivní, nebo naopak příliš aktivní. K tomuto stavu může dojít proto, že v důsledku mutace enzym nemá správnoustrukturu nebo že není produkován v přiměřeném množství. Důsledkem metabolické poruchy může být nedostatek určitého metabolitu, nebo naopak hromadění metabolitu až na toxickou úroveň (srov. enzymopatie). | |
vakuolyangl. vacuoles, prostory oddělené membránou od cytosolu, vyskytují se u rostlin a některých mikroorganismů (kvasinek). Slouží k regulaci osmotického tlaku, ke skladování zásobních látek (bílkovin, inulinu, sekundárních metabolitů) a k likvidaci toxických látek; mohou též fungovat jako trávicí kompartmenty (podobně jako lysosomy u živočichů). Termín vakuola se používá i pro tukové kapénky v buňkách bílé tukové tkáně živočichů. | |
valinVal nebo V, angl. valine, proteinogenní esenciální glukogenní aminokyselina. Postranní řetězec je silně hydrofobní a prostorově náročný. D-Valin je součástí molekuly antibiotika penicilinu. ![]() | |
Vane John Robert
| |
van't Hoff Jacobus Henrycusicus
| |
vasopresintéž adiuretin nebo antidiuretický hormon, ADH, angl. vasopressin nebo antidiuretic hormone, cyklický nonapeptid produkovaný v hypotalamu a uvolňovaný neurohypofýzou (viz žlázy endokrinní). Umožňuje resorpci vody a vylučování sodných iontů v distálních tubulech ledvin. Snižuje také srdeční frekvenci a zvyšuje krevní tlak. Je analogem oxytocinu (viz vzorec), má pouze ve srovnání s ním nahrazen isoleucin v poloze 3 fenylalaninem a leucin v poloze 8 argininem; přesto jsou jeho biologické účinky zcela odlišné. | |
vazba anhydridováangl. anhydride bond, vazba mezi dvěma zbytky molekul kyselin. V biochemii jsou zejména významné anhydridové vazby zbytků kyseliny fosforečné (viz difosfát, ATP, ADP, NAD, též směsný anhydrid fosfoadenosinfosfosulfát). | |
vazba disulfidová![]() | |
vazba fosfodiesterováangl. phosphodiester bond, spojení dvou molekul obsahujících alkoholové skupiny prostřednictvím ![]() | |
vazba glykosidováangl. glycoside bond, propojení monosacharidu s další skupinou prostřednictvím poloacetalového ![]() | |
vazba kooperativníangl. cooperative bond, způsob vazby
ligandu na biopolymer, který má pro něj více vazebných center; typický projev allosterického efektu, při němž jednotlivá vazebná místa kooperují. Při pozitivní kooperativitě první molekula ligandu zvyšuje afinitu biopolymeru k dalším molekulám. Pozitivní kooperativní vazbou váže např. hemoglobin molekuly kyslíku. | |
vazba koordinačně-kovalentnítéž vazba donor-akceptorová nebo koordinační, angl. coordinate covalent bond, dative bond nebo coordinate bond, typ kovalentní vazby
vzniklé tak, že elektrony poskytl jeden z interagujících atomů (donor),
zatímco druhý atom (akceptor) je přijal do svého neobsazeného orbitalu. | |
vazba kovalentníangl. covalent bond, vazba mezi dvěma atomy zprostředkovaná sdílením jednoho, dvou nebo tří párů elektronů, přičemž elektrony jsou poskytovány oběma vazebnými partnery (srov. vazba koordinačně-kovalentní). | |
vazba "makroergická"angl. "macroergic" bond, nešťastné a nepřesné označení vazeb, které se v makroergických sloučeninách štěpí, při čemž se uvolňuje energie. Termín vznikl v době, kdy panoval názor, že veškerá energie, která se při štěpení takovéto vazby uvolní, je lokalizována výhradně v ní; později se ukázalo, že zejména u nukleosidtrifosfátů (ATP, GTP) tomu tak není. | |
vazba peptidováangl. peptide bond, vazba mezi dvěma molekulami aminokyselin (resp. mezi dvěma aminokyselinovými zbytky), zvláštní typ sekundární amidové vazby. Vzhledem k velké ![]() elektronegativitě atomu kyslíku se volný elektronový pár na dusíkovém atomu přesunuje a vazba CO–NH získává částečně dvojný charakter; v bílkovinách a přirozených peptidech převažuje uspořádání trans, pouze peptidová vazba vycházející z iminokyseliny prolinu bývá v uspořádání cis. Peptidová vazba je i ve vodném prostředí stálá. Hydrolyzuje při zvýšené teplotě v prostředí silné kyseliny nebo zásady; její hydrolýzu v organismech katalyzuje velké množství enzymů ze skupiny peptidas. Pro její syntézu ve vodném prostředí je zapotřebí nejdříve aktivovat karboxylovou skupinu reagující aminokyseliny; pro chemickou syntézu (in vitro) byly vypracovány různé způsoby této aktivace, při biosyntéze se aminokyselina obvykle aktivuje vazbou na příslušnou tRNA. ![]() | |
vazba thioesterováangl. thioester bond, vazba zbytku karboxylové kyseliny a thiolu; významné jsou zejména thioestery karboxylových kyselin vázaných na ![]() | |
vazba vodíková![]() původněnesl vodíkový atom) a druhý jako akceptor. V biochemii jsou vodíkové vazby mimořádně důležité při přenosu genetické informace (viz komplementarita bází), při stabilizaci prostorové struktury bílkovin a při rozpoznávání partnerů v interakcích enzym-substrát, enzym-inhibitor, receptor-ligand apod. Podmiňují též hydrofilní vlastnosti skupin, které vytvářejí vodíkové vazby s molekulami vody. Na obrázku jsou čárkovaně vyznačeny vodíkové vazby mezi dusíkovými (donory, modré) a kyslíkovými (akceptory, červené) atomy v polypeptidu v α-helikálním uspořádání. | |
vazba zpětná negativníangl. negative feedback nebo negative inhibition, v biochemii mechanismus, jímž je tok látek určitou metabolickou drahou regulován
inhibicí klíčového enzymu (nebo klíčových enzymů) koncovými produkty této dráhy (viz inhibice enzymů koncovým produktem metabolické dráhy). Obecněji je to regulace úrovně jakéhokoliv faktoru citlivého na svou vlastní intenzitu, známého z fyzikální chemie jako LeChatelierův princip. Tímto způsobem jsou regulovány hladiny hormonů, koncentrace iontů, teplota a mnoho dalších faktorů (viz homeostáza, příklad negativní zpětné vazby při syntéze hormonu viz kortizol). | |
vektorangl. vector, v genovém inženýrství molekula DNA, do níž může být inkorporována určitá sekvence deoxyribonukleotidů (např. gen) a která může být následně vnesena do buňky, jež pak vnesenou sekvenci uchovává, replikuje a realizuje (např. proteosyntézou). Jako vektory se používají plasmidové nebo virové DNA. | |
vidlice replikačnítéž replikační vidlička, angl. replication fork, úsek
DNA ve tvaru písmene Y, v němž probíhá synteza řetězců DNA; dvě replikační vidlice ohraničují replikační očko. Při replikaci se vidlice posunuje (při analogii s písmenem Y směrem dolů) a dvouřetězcová (mateřská) DNA se postupně otvírá tak, jak jsou syntetizovány dceřinné řetězce. | |
viryangl. viruses, nebuněčně organizované formy živé hmoty. Virová partikule vždy obsahuje
nukleové kyseliny (DNA nebo RNA), které jsou chráněny bílkovinným obalem. Viry jsou obligátní buněční parazité; při své replikaci využívají syntetický aparát hostitelské buňky. Jsou nejčastějšími původci infekčních onemocnění rostlin a živočichů (viróz), napadají však i jednobuněčné organismy (bakteriofágy). | |
vitálangl. vital, zkrácená forma výrazu "vitální indikace laboratorního vyšetření". Užívá se pro označení vzorku při akutním ohrožení života pacienta, kdy výsledek vyšetření má zásadní význam pro určení dalšího léčebného postupu. Vzorky se zpracovávají neprodleně po přijetí do laboratoře s absolutní předností před všemi ostatními (srov. statim). | |
vitamin Atéž retinol, angl. retinol, isoprenoidní vitamin rozpustný v tucích, jeho provitaminy jsou některé karotenoidy. Retinol ![]() ![]() tvorbě zubní a kostní tkáně. | |
vitamin B1
| |
vitamin B12též kobalaminy, angl. cobalamines, skupina derivátů korinu tvořených kruhovou strukturou čtyř pyrrolových jader ![]() | |
vitamin B2též riboflavin, angl. riboflavin, ve vodě rozpustný žlutý vitamin obsažený ![]() | |
vitamin B3též niacin, nikotinová (pyridin-3-karboxylová kyselina) kyselina či vitamin PP, ![]() | |
vitamin B5též pantothenová kyselina, angl. pantothenic acid, vitamin rozpustný ve vodě, kondenzační produkt pantoové ![]() | |
vitamin B6též pyridoxin, angl. pyridoxine, skupina derivátů pyridinu, které mohou být metabolicky převedeny ![]() | |
vitamin B7též vitamin H nebo biotin, angl. biotin, prostetická skupina zajišťující enzymovou karboxylaci různých substrátů (např. acetyl-CoA → malonyl-CoA, pyruvát → oxalacetát). Biotin je v karboxylasách kovalentně vázán na ε-aminoskupinu lysinu; podjednotka nebo doména, která váže biotin, se někdy nazývá BCCP (angl. biotin carboxyl carrier protein). Karboxylace substrátů probíhá tak, že se nejdříve ligasovou reakcí (za štěpení ATP na ADP a Pi) karboxyluje navázaný biotin, z něhož se pak karboxylová skupina přenese na substrát. Nedostatek biotinu způsobuje padání vlasů a různé kožní poruchy. Jeho hojným zdrojem jsou zejména játra a vejce. Syrový vaječný bílek však obsahuje bílkovinu avidin, která biotin silně váže. | |
vitamin B9též listová kyselina nebo folát, angl. folic acid, vitamin rozpustný ve vodě. Molekula je tvořena třemi ![]() | |
vitamin Ctéž askorbová kyselina nebo askorbát, angl. ascorbic acid, γ-lakton 2-oxo-L-gulonové kyseliny, ve vodě rozpustný
vitamin odvozený od sacharidů. Hydroxylové skupiny v enol-uspořádání jsou silně kyselé a molekula se chová jako jednosytná kyselina (pKa = 4,0). Vyskytuje se zejména v čerstvém ovoci a zelenině, ale i v čerstvém mase. Savci kromě vyšších primátů a křečka ho syntetizují z D-glukuronové kyseliny; askorbová kyselina tedy pro ně není vitaminem. Pro potravinářské účely se vyrábí z glukosy několikastupňovou syntézou, která zahrnuje i transformaci pomocí mikroorganismů. Askorbát je silným redukčním činidlem, oxiduje se na dehydroaskorbovou kyselinu, resp. její lakton; této reakce se využívá při biosyntéze katecholaminů. Jako kofaktor se účastní několika důležitých reakcí, především posttranslační hydroxylace prolinu (prokolagen-prolin-dioxygenasa, EC 1.14.11.2) a lysinu (prokolagen-lysin-5-dioxygenasa, EC 1.14.11.4) v kolagenu. Při nedostatku vitaminu C tato modifikace neprobíhá; postupně je poškozována pojivová tkáň (výstelka cév, úpony zubů) a propuká onemocnění zvané kurděje (skorbut, odtud název vitaminu působící proti kurdějím). Jako vitamin je znám již od roku 1742, kdy byl použit při léčbě kurdějí. Působí také jako antioxidant. V lidském organismu pomáhá vstřebávání železa z potravy. Za výzkum vitaminu C získali roku 1937 W. N. Haworth a A. Szent-Györgyi Nobelovu cenu. ![]() | |
vitamin Dtéž antirachitický vitamin, angl. vitamin D, skupina v tucích rozpustných látek steroidního původu souhrnně označovaných jako kalciferoly: cholekalciferol (vitamin D3 – živočišného původu) a ergokalciferol (vitamin D2 – rostlinného původu). Při biosyntéze se uplatňuje fotochemická reakce, iniciovaná UV-zářením. V kůži je tak z cholesterolu syntetizován cholekalciferol a jeho postupnou hydroxylací v dalších tkáních nejúčinnější forma vitamínu D, kalcitriol. Při běžných dávkách záření jsou endogenní (vnitřní) zdroje vitaminu D dostatečné k pokrytí potřeb, proto někdy kalciferol není řazen mezi vitaminy. Ukládá se v játrech. Ve výživě je zdrojem vitaminu D máslo, rybí olej, vaječný žloutek a mozek jatečných zvířat. Ačkoliv většina vitaminů se podílí na katalytických procesech v organismu, kalciferol spíše svým působením připomíná hormon. Jeho hlavní funkcí je regulace metabolismu vápníku, je nezbytný pro jeho ukládání v kostech. Kalcitriol působí také jako imunomodulátor a v různých typech buněk ovlivňuje expresi např. interleukinů (viz cytokiny), interferonů, iontových pump, růstových faktorů atd. Projevem hypovitaminózy je měknutí kostí, vyvolávající jejich křivení (křivice = rachitis, odtud antirachitický vitamin). Jeho nadbytek, který může být i toxický, vede k poruchám metabolismu vápníku a fosfátu a snížení imunity; hypervitaminóza však nikdy nevzniká pouhým nadbytkem UV-záření. | |
vitamin E![]() | |
vitamin K![]() | |
vitaminyangl. vitamins, organické látky přítomné v malých množstvích v potravě živočichů (většinou chápáno ve vztahu k člověku), bezpodmínečně nutné pro růst a zachování životních funkcí (esenciální exogenní faktory). Biochemická funkce vitaminů je většinou katalytická, protože jsou součástí
kofaktorů enzymů (srov. biokatalyzátory). Pouze vitamin A je prostetickou skupinou rhodopsinu bez katalytické funkce, vitamin D má funkci regulační a vitamin E je antioxidant. Některé vitaminy jsou v organismu syntetizovány z provitaminů (A, D). Podle rozpustnosti je dělíme na vitaminy rozpustné v tucích a rozpustné ve vodě. Kromě vitaminu C se všechny vitaminy rozpustné ve vodě řadí do skupiny B. Mezi vitaminy nejsou řazeny esenciální aminokyseliny, jichž je zapotřebí relativně mnoho, a ani esenciální nenasycené mastné kyseliny, které však někdy bývají nazývány společným termínem vitamin F.
Za objevy vitaminů obdrželi roku Nobelovu cenu A.O.R. Windhaus (1928), F.G. Hopkins a Ch. Eijkman (1929), W.N. Haworth, P. Kerrer a A. Szent-Györgyi (1937), R. Kuhn (1938), H.C.P. Dam a E.A. Doisy (1943), D.C. Hodgkin (1964).
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
vlásenkaangl. hairpin nebo hairpin loop, útvar tvořený jednořetězcovou DNA nebo RNA, v níž jsou určité úseky tvořeny ![]() jetelové lístky, ale i z vlásenkovitých struktur DNA, kde se např. uplatňují jako signál pro ukončení transkripce. | |
vlastnosti chaotropníangl. chaotropic properties, schopnost některých látek rozrušovat strukturu vody, zejména
vodíkové vazby mezi molekulami, neboť samy s vodou tyto vazby vytvářejí. Typickými chaotropními látkami jsou močovina a guanidinhydrochlorid, které ve vysokých koncentracích (9 mol/l u močoviny, 6 mol/l u guanidinhydrochloridu) působí jako vysoce účinná denaturační činidla bílkovin, která převádějí nativní strukturu bílkoviny do podoby statistického klubka. Díky schopnosti vytvářet vodíkové vazby s atomy v peptidových vazbách výrazně zvyšují rozpustnost takto denaturovaných bílkovin. | |
vodík aktivníangl. active hydrogen, značka
[H], v biochemii společné označení pro atomy vodíku vázané na kofaktory oxidoreduktas, nejčastěji na NAD+, NADP+ nebo FAD. Toto schematické označení se užívá zejména při popisu katabolických procesů, kde přenos vodíku mezi jednotlivými systémy oxidoreduktas hraje klíčovou energetickou roli, přičemž primární akceptor vodíku (kofaktor) není pro popis děje zásadní. | |
von Euler-Chelpin Hans
| |
vosky
| |
vsolováníangl. solting in, vzrůst rozpustnosti proteinů v přítomnosti malých koncentrací neutrálních solí; typická vlastnost
globulárních bílkovin. | |
vstup postranní do dýchacího řetězcetéž kotvený komplex II, angl. respiratory complex II, společné označení pro membránové enzymy ze třídy
oxidoreduktas, které katalyzují přenos vodíkových atomů z různých substrátů na ubichinon, a tím jejich vstup do dýchacího řetězce: SH2 + Q → S + QH2. Zásadně se liší od kotveného komplexu I (ubichinonreduktasa EC 7.1.1.2) tím, že nejsou schopny aktivně transportovat protony, a proto nepřispívají ke vzniku proton-motivní síly. Jejich prostetickou skupinou bývá FAD. Nejvýznamnějšími enzymy této skupiny jsou sukcinátdehydrogenasa (viz citrátový cyklus, EC 1.3.5.1), membránová glycerol-3-fosfátdehydrogenasa (EC 1.1.5.3, viz glycerolfosfátové kyvadlo) a systém dehydrogenas, které zahajují β-oxidaci mastných kyselin (acyl-CoA-dehydrogenasy, EC 1.3.8.1 a EC 1.3.8.8). | |
vysolováníangl. solting out, pokles rozpustnosti globulárních bílkovin v důsledku vysoké koncentrace určitých solí. Postupné vysolování bílkovin z roztoku (frakční vysolování, např. přidáváním síranu amonného, a oddělení vzniklé sraženiny centrifugací) patří k nejběžnějším velkokapacitním metodám izolace
bílkovin. | |