Browse the glossary using this index

Special | A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | ALL

Page:  1  2  3  4  5  6  (Next)
  ALL

E

EC

zkratka slov Enzyme Commission (of International Union of Biochemistry), symbol užívaný pro označení čtyřmístného katalogového čísla enzymů (např. EC 1.1.1.1, viz katalog enzymový).

Edelman Gerald Maurice

portrét nobelistyamerický lékař a fyzikální chemik  (1929–2014), Nobelova cena (za fyziologii a lékařství, 1972) za určení chemické struktury protilátek (spolu s R. R. Porterem). Vystudoval medicínu, doktorát získal v oboru fyzikální chemie. V 60. letech se mu podařilo určit strukturu protilátek (viz imunoglobuliny); k analogickým výsledkům došla i nezávisle pracující Porterova britská skupina. V 70. letech se Edelman začal zabývat studiem struktury mozkové tkáně. Objevil cell adhesion molecules (CAM), které zprostředkují vzájemnou vazbu sousedních tkáňových buněk. Jeho práce vedla k formulaci obecné teorie vysvětlující vývoj a funkci mozku; tuto teorii popsal v populárně vědecké knize Bright Air, Brilliant Fire.

efekt allosterický

z řeckého allós = jiný, stereós = prostor, angl. allosteric effect, konformační přechod v určité části molekuly biopolymeru, vyvolaný jistou změnou v jiné části molekuly. Touto změnou může být kovalentní modifikace (např. fosforylace enzymu) či nekovalentní vazba nízkomolekulárního či makromolekulárního efektoru (např. vazba nekompetitivního inhibitoru na enzym, pozitivní homotropní allosterický efekt u hemoglobinu, vyvolání konformační změny membránového receptoru vazbou bílkovinného hormonu apod.). Allosterický efekt se uplatňuje zásadním způsobem při regulaci biologické aktivity mnoha bílkovin.

efekt Bohrův

angl. Bohr effect, soubor jevů, vycházejících ze skutečnosti, že oxygenovaný hemoglobin (HbO2) je silnější kyselinou
než deoxygenovaný (Hb). Tato skutečnost vede k tomu, že ve tkáních, kde je nižší pH v důsledku uvolňování CO2 a metabolických kyselin (zejména laktátu), HbO2 snadno uvolňuje kyslík, zatímco v plicích, kde CO2 z krve odchází, ho Hb naopak snadno váže. Uvolňování a vazba H+ hemoglobinem také usnadňuje odstraňování CO2 v plicní ventilaci a napomáhá udržet pH krve ve velmi úzkém intervalu (viz acidóza a alkalóza).





efektory

též modulátory, angl. effectors, v biochemii sloučeniny, jejichž nekovalentní vazba na biopolymery (především na bílkoviny a DNA) ovlivňuje zásadním způsobem jejich biologickou aktivitu. Efektory rozdělujeme na aktivátory, které aktivitu biopolymeru zvyšují, a inhibitory, které ji snižují. Řada efektorů se váže do oblastí biopolymeru, které se přímo neúčastí vlastní biologické akce; hovoříme o regulačních místech biopolymeru (na rozdíl od míst aktivních) a o allosterickém působení těchto efektorů. Rozsah vazby efektoru na biopolymer je dán jejich vzájemnou afinitou (vyjádřitelnou vazebnou konstantou) a koncentrací efektoru v prostředí. K nejdůležitějším skupinám efektorů patří reverzibilní inhibitory a aktivátory enzymů (působící často jako druzí poslové), hormony a neurotransmitery.

efekt Pasteurův

angl. Pasteur effect, skutečnost, že spotřeba glukosy u fakultativně anaerobních buněk je podstatně vyšší za anaerobních podmínek než za podmínek aerobních. Tento jev lze snadno pochopit, uvážíme-li, že při fermentačním typu metabolismu (anaerobní podmínky) se glykolysou na úkor odbourání jedné molekuly glukosy získají obvykle dvě molekuly ATP, zatímco za aerobních podmínek (s využitím citrátového cyklu a dýchacího řetězce) lze získat až 38 molekul ATP.

Eijkman Christiaan

holandský vojenský lékař (1858–1930), Nobelova cena (za fyziologii a lékařství, 1929) za objev antineuritického vitaminu (dnes nazývaného thiamin). Vystudoval medicínu v Amsterodamu a v letech 1883–85 působil jako lékař v Holandské východní Indii. Poté pracoval s R. Kochem v Berlíně na bakteriologickém výzkumu. Roku 1886 se vrátil na Javu (dnes Indonésie) studovat příčiny choroby beri-beri; podařilo se mu prokázat, že toto onemocnění je způsobeno chybnou výživou. Povšiml si totiž, že podobné onemocnění propuká u kuřat krmených pouze loupanou rýží; dlouho se však domníval, že příčinou onemocnění jsou mikroorganismy obsažené ve vařené rýži. Teprve později se ukázalo, že nemoc vzniká z nedostatku thiaminu (vitamin B1), který je obsažen pouze v povrchových vrstvách rýžového zrna, které se loupáním odstraní.

eikosanoidy

též ikosanoidy, angl. eicosanoids / icosanoidstkáňové hormony, jejichž prekursorem je arachidonová kyselina. Obsahují 20 uhlíkových atomů (řecky eikosi = dvacet). Nejvýznamnější skupiny eikosanoidů jsou prostaglandiny, thromboxany a leukotrieny. Zprostředkují alergické reakce, podílejí se na rozvoji zánětu, vzniku horečky, bolesti, ovlivňují vasomotoriku, procesy srážení krve a činnost nervového systému.

ekosystém

angl. ecosystem, základní jednotka ekologie, soubor všech biologických druhů (rostlinných, živočišných a mikrobiálních), ale i složek neživé přírody, které existují a vzájemně interagují v daném prostoru.

ekvivalent redukční

angl. reducing equivalent, množství redukující látky, které do oxidačně-redukční reakce přináší 1 mol elektronů nebo vodíkových atomů. V biochemii se často tento pojem ztotožňuje s NADPH, který je nejvýznamnějším redukčním činidlem anabolických procesů.

elastin

angl. elastin, nerozpustná strukturní bílkovina tvořící hlavní součást pružných (elastických) vláken ve tkáních živočichů (vlákna šlach, průdušek, plic a cévních stěn). Obsahuje vysoký podíl glycinu, prolinu a alifatických aminokyselin (Ala, Val, Leu a Ile). Při trávení je ve dvanáctníku štěpen (hydrolyzován) specifickým pankreatickým enzymem elastasou (EC 3.4.21.36; EC 3.4.21.71).

elektrody enzymové

angl. enyzme electrodes, elektrochemická čidla obsahující imobilizovaný enzym, který katalyzuje reakci, elektroda_enzymova.01.gifpři níž vzniká nebo se spotřebovává reaktant, na jehož koncentraci je čidlo citlivé. K nejznámějším patří amperometrické kyslíkové čidlo s glukosaoxidasou (viz obr.); rychlost spotřeby kyslíku a vzniku peroxidu vodíku v enzymové reakci je zde úměrná koncentraci stanovované glukosy. Výhodou enzymových elektrod je zejména vysoká specifita, rychlost analýzy a relativně nízké náklady na jedno stanovení; ve srovnání se spektrálními metodami je též výhodné, že vzorek nemusí být čirý.

Popis k obrázku: 
1. Pt-Ir drátek zapojený jako anoda (+)
2. Ag-katoda, pokrytá vrstvou AgCl tvoří referentní argentchloridovou elektrodu ()
3. gel obsahující Cl-
4. membrána s kovalentně imobilizovanou glukosaoxidasou

elektroforéza

angl. electrophoresis, soubor separačních elektromigračních metod využívajících k dělení látek jejich odlišnou pohyblivost ve stejnosměrném elektrickém poli. V současné době je nejrozšířenější elektroforetickou metodou gelová elektroforéza, při níž se látky rozdělují na základě pohyblivosti v gelu; k nejběžnějším patří polyakrylamidový a agarosový gel. Ve srovnání s volnou elektroforézou v roztoku je zde snížena difuze a molekuly se proto lépe separují. Pohyblivost v gelu je výrazně ovlivněna velikostí molekul; existují i varianty této metody (elektroforéza v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti dodecylsíranu sodného, angl. sodium dodecyl sulphate-polyacrylamide gel electrophoresis, SDS-PAGE), kde se molekuly bílkovin dělí téměř výhradně podle své molekulové hmotnosti. Velký význam má gelová elektroforéza i při studiu nukleových kyselin, např. při sekvenování DNA Sangerovou dideoxy metodou; vzhledem k tomu, že každý (deoxy)ribonukleotidový zbytek nese jeden záporný náboj, je pohyblivost fragmentu řetězce dána pouze jeho délkou. Za výzkum elektroforézy a adsorpční analýzy, zejména za objevy týkající se komplexní povahy sérových proteinů, získal roku 1948 A. W. K. Tiselius Nobelovu cenu.

elektroforéza dvojrozměrná

angl. two-dimensional electrophoresis / 2D-electrophoresis, kombinace dvou elektroforetických dělení. Vzorek (nejčastěji směs bílkovin) se nejdříve rozdělí isoelektrickou fokusací podle isoelektrických bodů jeho složek. V kolmém směru se pak elektroforézou v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti dodecylsíranu sodného (SDS-PAGE) jednotlivé bílkoviny rozdělí podle molekulových hmotností (viz elektroforéza). Tímto způsobem lze analyzovat velmi komplexní směsi, obsahující mnoho desítek bílkovin. Díky této mimořádné dělící schopnosti patřila donedávna dvojrozměrná elektroforéza k základním technikám proteomiky; dnes je často nahrazována hmotnostní spektrometrií.

              

    




Příklad dvojrozměrného elektroforeogramu: 
Analýza bílkovin bílých krvinek (laboratoř dr. Z. Hrkala, Ústav hematologie a krevní transfuse, Praha). Rozsah isoelektrických bodů 3 až 10, rozsah molekulových hmotností 10 až 250 kDa.

                                          

elektroforéza kapilární

angl. capillary electrophoresis, elektromigrační metoda, která se provádí v kapiláře naplněné nosným elektrolytem a ponořené oběma konci do elektrodových nádobek. Při separaci látek se zde vedle elektroforetického principu (pohyb nabitých molekul v elektrickém poli) uplatňuje též elektroosmotický tok (angl. electroosmotic flow, EOF), což je spontánní tok kapaliny v kapiláře v důsledku náboje (obvykle záporného) na vnitřní stěně kapiláry. Protiionty (obvykle kationty) se shromažďují u povrchu kapiláry a vytvářejí dvojvrstvu, která se po umístění kapiláry do stejnosměrného elektrického pole začne pohybovat ke katodě a strhává s sebou veškerou kapalinu v kapiláře. Výsledný pohyb molekul je pak součtem (či rozdílem) elektroforetického pohybu a EOF.

ELISA

angl. enzyme-linked immuno-sorbent assayanalytická metoda využívaná ke kvantitativnímu stanovení různých antigenů. Metoda má řadu variant; všechny jsou založeny na vysoce specifické interakci antigenu a protilátky, přičemž na jednoho z těchto partnerů je kovalentně navázán enzym (nejčastěji peroxidasa, EC 1.11.-.-, nebo alkalická fosfatasaEC 3.1.3.1). Tento enzym katalyzuje přeměnu substrátu, který je přidán do reakční směsi, na produkt, který je barevný (stanovuje se spektrofotometricky, viz chromogenní substrát) nebo fluoreskující (fluorimetrické stanovení); koncentrace produktu je úměrná koncentraci antigenu nebo protilátky ve vzorku. Dalším společným znakem metod ELISA je zakotvení (adsorpce nebo kovalentní navázání) antigenu nebo protilátky na nerozpustný nosič (často povrch reakční nádobky nebo mikrotitrační destičky), což usnadňuje separaci imunochemicky navázaných molekul.
      
VARIANTA STANOVENÍ KONCENTRACE ANTIGENU METODOU ELISA POMOCÍ DVOU PROTILÁTEK (tzv. sendvičová metoda):

elongace

angl. elongation, cyklicky se opakující připojování monomerních jednotek na prodlužující se polymerní řetězec.

enantiomery

též optické antipody, angl. enantiomers, dvojice stereoisomerů, které se k sobě navzájem mají jako zrcadlové obrazy; všechna stereogenní centra mají opačnou konfiguraci, např. D- a L-glukosa (viz vzorce) . Dvojice enantiomerů má všechny fyzikální a chemické vlastnosti stejné kromě těch, kde molekuly interagují s dalšími chirálními prvky, např. s levotočivě a pravotočivě cirkulárně polarizovanými paprsky (proto jsou opticky aktivní) nebo s katalyzátory povahy enzymů (viz stereospecifita enzymů).

endocytóza

angl. endocytosis, jeden z mechanismů přenosu  molekul nebo částic z vnějšího prostředí do buňky. Buněčná membrána se vchlipuje a jejím odškrcením vznikne nitrobuněčný váček (endosom), obsahující buď mimobuněčnou tekutinu (pinocytóza), nebo pevné částice (fagocytóza). Endocytózou se přenášejí makromolekuly nebo větší útvary (buňky, virové částice apod.). Klíčovou roli v procesu vchlipování membrány hraje specifický membránový receptor, na nějž se transportovaná částice (ligand) váže. Často se zde uplatňuje intracelulární bílkovina klathrin, která na vnitřní straně membrány vytváří síť a stabilizuje tak endosom (též obalený nebo opláštěný váček, angl. coated pit).
                                                  


endonukleasy

angl. endonucleases, enzymy, které katalyzují hydrolytické štěpení nukleových kyselin uvnitř řetězce (EC 3.1.21.-EC 3.1.22.-EC 3.1.25.-EC 3.1.26.-EC 3.1.27.-EC 3.1.30.-EC 3.1.31.-). Endonuklesy s relativně malou specifitou se účastní procesu trávení. Naopak restrikční endonukleasy prokaryotního původu štěpí řetězce DNA v místě s určitým sledem bází, obvykle palindromního charakteru; využívají se v genovém inženýrství pro cílené štěpení DNA. Za objev restrikčních enzymů (endonukleas) a jejich aplikaci v molekulové genetice získali roku 1978 W. Arber, D. Nathans a H. O. Smith Nobelovu cenu.

endopeptidasy

angl. endopeptidases, enzymy (EC 3.4.21.-EC 3.4.22.-EC 3.4.23.-EC 3.4.24.-EC 3.4.25.-), které katalyzují hydrolytické štěpení polypeptidů uvnitř řetězce, např. trávicí enzymy elastasa (EC 3.4.21.36; EC 3.4.21.71), trypsin (EC 3.4.2.1), chymotrypsin (EC 3.4.21.1), pepsin (EC 3.4.23.1) a chymosin (EC 3.4.23.4) nebo enzymy zajišťující hemokoagulaci (např. thrombinEC 3.4.21.5).

endorfiny

angl. endorphins, skupina tzv. opioidních peptidů (endogenních morfinů), tvořených obvykle 16 až 31 aminokyselinovými zbytky. Vznikají štěpením prekursorové bílkoviny v mozku, pankreatu, placentě a pravděpodobně i v dalších tkáních. Působí jako neurotransmitery a neuromodulátory. Vážou se (podobně jako morfin) na opiátové receptoryplasmatické membráně cílových buněk a mají i podobné účinky: příznivě ovlivňují náladu, tlumí bolest a ovlivňují výdej některých hormonů. Vyplavují se při stresu a svalové zátěži (např. při porodu nebo při sportování). Mezi endorfiny řadíme i dva funkčně příbuzné přirozené pentapeptidy, nazývané enkefaliny.

endosom

angl. endosome, membránový váček uvnitř eukaryotní buňky, vzniklý endocytózou a sloužící k třídění endocytovaného materiálu. Nejdříve vzniká časný endosom (též opláštěný nebo potažený váček) a v následných fázích (přes mezistupeň zvaný multivezikulární tělísko) se vyvíjí pozdní endosom (holý váček), který pak může splynout s lysosomem.

enzymopatie

angl. enzymopathy, chorobný stav, vyvolaný abnormální (obvykle nízkou) aktivitou některého enzymu v organismu. Nejčastěji je její příčinou dědičná vada, kdy je mutací poškozen gen pro daný enzym; organismus ho pak sice syntetizuje, ale enzym nemá potřebnou aktivitu.

enzymy

angl. enzymes, biokatalyzátory se strukturou biopolymeru (většinou bílkoviny); z řeckého en = v a zymé = kvas. Téměř všechny metabolicky významné reakce jsou katalyzovány enzymy; tvoří až 90 % počtu buněčných bílkovin. Největší rozdíl mezi enzymy a chemickými katalyzátory je ve specifitě enzymové katalýzy; enzym vždy katalyzuje jen přeměnu určité skupiny substrátů (viz substrátová specifita) a jen určitý typ reakce (viz specifita účinku). Enzymy, stejně jako chemické katalyzátory, neovlivňují energetiku reakce; z toho vyplývá, že urychlují průběh reakcí oběma směry a že v rovnovážných systémech neovlivňují výtěžek reakce. Enzymy v současné době nacházejí široké praktické uplatnění; používají se ve všech odvětvích potravinářského průmyslu, v textilním, papírenském a farmaceutickém průmyslu i v zemědělství; nejznámější aplikací je použití hydrolas v pracích prostředcích. Pro svou specifitu se využívají i pro účely analytické chemie, zejména pak v klinicko-biochemických laboratořích. Za výzkum enzymů získali v roce 1946 J. B. Sumner, J. H Northorp a W. M. Stanley Nobelovu cenu.

enzymy allosterické

též regulační, angl. allosteric enzymes, enzymy s oligomerní strukturou, u nichž se aktivní centra jednotlivých podjednotek navzájem ovlivňují tak, že vazba substrátu do jednoho centra zvyšuje aktivitu centra dalšího (vykazují pozitivní homotropní allosterický efekt). To má za následek, že závislost počáteční reakční rychlosti na koncentraci substrátu není hyperbolická, jak je u jednoduchých enzymů běžné, ale sigmoidní. Tyto enzymy hrají významnou roli při regulaci toku látky jednotlivými metabolickými drahami.
Výklad sigmoidní závislosti poskytly dva modely. Historicky starší model vychází z představy, že oligomerní molekula může existovat ve dvou konformačních stavech, přičemž jeden má k substrátu vysokou afinitu a druhý nízkou; vzhledem k tomu, že v daném stavu mají všechna aktivní místa molekuly afinitu stejnou (proto se model nazývá symetrický), stabilizuje vazba substrátu na jednu podjednotku aktivní konformaci celého oligomeru. Druhý model (zvaný sekvenční) předpokládá, že se vazbou substrátu do jednoho aktivního místa allosterickým působením postupně aktivují další aktivní místa. Studium struktury komplexů oligomerních enzymů se substráty ukázalo, že pro některé z nich platí symetrický model a pro jiné sekvenční. 

enzymy imobilizované

angl. immobilized enzymesenzymy, lokalizované v určitém prostoru, kde si zachovávají svoji biologickou aktivitu. Přirozeně imobilizované jsou enzymy, které jsou součástí biologických membrán či jiných nadmolekulových struktur (např. ribosomů). Nacházejí široké uplatnění v různých technologických procesech. Je totiž často vhodné rozpustné enzymy uměle imobilizovat (navázat na pevný nosič); největší výhodou takto upravených biokatalyzátorů je skutečnost, že se mohou snadno regenerovat a používat opakovaně.

enzymy induktivní

též indukované nebo indukovatelné, angl. induced or inducable enzymes, enzymy, jejichž exprese v buňce je indukována (pozitivně ovlivňována) fyziologickými podmínkami, nabídkou různých živin apod. Ač buňky trvale obsahují gen pro takovýto enzym, mohou, ale nemusejí ho v daném okamžiku exprimovat (srov. enzymy konstitutivní a enzymy reprimovatelné).

enzymy – kinetika

angl. enzyme kinetics, enzymová kinetika, vědní obor, zabývající se studiem rychlosti reakcí katalyzovaných enzymy. Základním vztahem je rovnice Michaelise a Mentenové, popisující závislost počáteční reakční rychlosti enzymové reakce vo na koncentraci substrátu [S]:
\( v_{0} = \frac{ V_{lim} . [S]}{ K_{M} + [S]} \)
kde konstanta Vlim je limitní rychlost (někdy též méně správně maximální rychlost Vmax) a KM Michaelisova konstanta. Grafem závislosti vo na [S] je rovnoosá hyperbola s posunutým počátkem, která pro vysoké koncentrace substrátu limituje k hodnotě Vlim (viz obr.). Limitní rychlost, stejně jako počáteční reakční rychlost pro každou koncentraci substrátu, je přímo úměrná koncentraci aktivního enzymu v roztoku. Nutno podotknout, že závislost vo na [S] nemusí být hyperbolická (srov. inhibice substrátem a allosterické enzymy).

enzymy konstitutivní

angl. constitutive enzymes, enzymy, které jsou v buňce trvale přítomny ve víceméně stálé koncentraci (srov. induktivní enzymy).

enzymy - mechanismus dvousubstrátových reakcí

angl. mechanisms of two-substrates enzyme reactions, modely popisující enzymovou katalýzu reakce A + B → P + Q.
  • Model ping-pongový vychází z představy, že enzym nejdříve (chemicky) reaguje s prvním substrátem (A), čímž vznikne první produkt (P) a enzym vystupuje z reakce pozměněn; v druhém kroku takto pozměněný enzym reaguje s druhým substrátem (B), regeneruje se a vznikne produkt Q. Tomuto modelu odpovídá většina reakcí enzymů s prostetickou skupinou.
  • Sekvenční model předpokládá, že se na enzym postupně navážou oba substráty (A i B), za pomoci katalytických skupin enzymu proběhne jejich chemická přeměna a poté oddifundují oba produkty (P a Q). V rámci sekvenčního modelu se ještě rozlišuje sekvenční uspořádaný model, kdy se substráty A a B mohou vázat pouze v určitém pořadí, a sekvenční neuspořádaný model, kdy má enzym připraveno vazebné místo pro oba substráty a na pořadí jejich vazby tedy nezáleží.

enzymy – mechanismus působení

angl. mechanism of enzyme action. Katalytický cyklus enzymu můžeme rozdělit na tři fáze: vazbu substrátu do aktivního centra enzymu, jeho přeměnu na produkt a desorpci produktu.
  • Pro objasnění mechanismu vazby substrátu (zejména pro vysvětlení substrátové specifity enzymu) byl již před více než 100 lety navržen model zámku a klíče (enzym představuje zámek a substrát klíč, který komplementárně vyplní zámek). Později byl tento statický model doplněn o představu, že substrát a enzym se při interakci ovlivňují a vyvolávají jeden u druhého změny prostorového uspořádání na úrovni konformace (model indukovaného přizpůsobení). Zajímavé je zejména přizpůsobení enzymové makromolekuly obvykle mnohem menšímu substrátu (viz konformační dynamika). Naopak vazbou substrátu do vazebného místa se, zejména u konformačně nestabilních substrátů, stabilizuje jedna z jeho možných konformací. Vazbu substrátu na enzym charakterizuje substrátová konstanta, tj. disociační konstanta komplexu enzym–substrát.
  • Vlastní katalytickou přeměnu zajišťuje několik málo katalytických skupin, které jsou součástí aktivního místa a jsou v přímém, stereochemicky přesně určeném kontaktu s navázaným substrátem; u složených enzymů zajišťují tuto funkci především prostetické skupiny nebo ionty kovů.
  • Desorpce produktu (produktů) je jistou analogií vazby substrátu (substrátů); u některých enzymových reakcí je tento krok v celé sekvenci událostí tím nejpomalejším.

enzymy membránové

angl. membrane enzymes, enzymy, vázané na biologickou membránu. Některé enzymy jsou s biologickou membránou jednoznačně funkčně spojeny (např. kotvené komplexy dýchacího řetězce, enzymy světlé fáze fotosyntézy či enzymy zajišťující aktivní transport); bývají často charakteru integrálních bílkovin (viz membránové bílkoviny). Jiné enzymy (většinou charakteru periferních bílkovin) jsou na membránu vázány slaběji a jejich spojení s ní může být funkčně méně jasné; často nacházíme stejný enzym jak v cytosolu, tak přichycený k buněčné membráně či k membráně endoplasmatického retikula.

enzymy multifunkční

angl. multifunctional enzymes, enzymy, které katalyzují dvě (často i více) chemických reakcí. Nejznámějším příkladem je živočišná synthasa mastných kyselin, která, ač složena pouze ze dvou identických polypeptidových řetězců, obsahuje dvě komplexní aktivní centra, z nichž každé katalyzuje celou sekvenci biosyntézy mastných kyselin (srov. jednotka multienzymová).

enzymy – názvosloví

angl. enzyme nomenclature, názvosloví, rozlišitelné na třech úrovních:
České názvosloví enzymů (viz Koštíř J. a Kotyk A.: Chemické listy 70, 493-503 (1976)) vychází z práce České názvoslovné komise pro biochemii při ČSAV z první poloviny 70. let 20. století. V zásadě přejímá mezinárodní názvosloví, za zmínku stojí několik specifik vycházejících z obecných pravidel českého jazyka a oficiálního chemického názvosloví:
  • Podporuje užívání pojmu "enzymový" a vylučuje pojem "enzymatický", který "neodpovídá českému způsobu tvoření slov".
  • Jednoznačně doporučuje používání přípony -asa; příponu -áza připouští pouze "v populární literatuře" (v současnosti často v nechemicky, tedy zejména biologicky či medicínsky zaměřených textech).
  • Vyžaduje užívání názvů látek, jež odpovídají současnému anorganickému a organickému chemickému názvosloví, tedy v žádném případě ne glukóza (glukosa), etanol (ethanol) apod.!
  • Doporučuje užívání jasně srozumitelných chemických vzorců jednoduchých látek (raději např. O2 místo kyslíku, CO2 místo oxidu uhličitého nebo NH3 místo amoniaku).
  • Kromě několika výjimek vyžaduje užívání jednoslovných názvů enzymů (viz výše uvedené doporučené názvy, ale také např. DNA-polymerasa či ribulosa-1,5-bisfosfátkarboxylasa/oxygenasa). Ne tedy alkohol-dehydrogenasa, alkohol dehydrogenasa, alkoholová dehydrogenasa či dehydrogenasa alkoholu, ale pouze a jedině alkoholdehydrogenasa.  

enzymy – optimum pH

angl. optimal pH for an enzyme, hodnota pH roztoku, při níž má enzym nejvyšší aktivitu. Aktivita enzymu závisí na pH ze dvou důvodů: jednak pH ovlivňuje prostorové uspořádání enzymu (srov. denaturace), jednak se na katalýze často podílejí ionizovatelné skupiny enzymu, jejichž náboj závisí na hodnotě pH; hodnota pH roztoku může ovlivňovat i vlastnosti substrátu (především ionizační stav u slabých kyselin nebo bází).

enzymy – optimum teplotní

angl. optimal temperature for an enzyme, teplota, při níž má enzym nejvyšší aktivitu. Působení teploty na aktivitu enzymu má dvojaký charakter. Obvykle při nižších (předdenaturačních) teplotách aktivita s rostoucí teplotou exponenciálně vzrůstá v souladu s Arrheniovou rovnicí; po překonání hodnoty teplotního optima však aktivita prudce klesá, neboť zde enzym ztrácí nativní strukturu (srov. denaturace). Hodnota zjištěného teplotního optima silně závisí na experimentálních podmínkách, zejména na době, po níž enzymová reakce probíhá. Určení vhodné teploty reakce má velký význam při všech praktických aplikacích enzymů; obvykle volíme nižší teplotu než je teplotní optimum, neboť při této hodnotě se již projevuje teplotní denaturace a aktivita enzymu s časem klesá.

enzymy – regiospecifita

angl. enzyme regiospecificity, schopnost enzymu katalyzovat v daném substrátu přeměnu na jediném místě, ač by z chemického hlediska mohla reakce probíhat více způsoby. Například glukosaoxidasa oxiduje glukosu na uhlíku C1, zatímco galaktosaoxidasa (EC 1.1.3.9) galaktosu na uhlíku C6; fosfolipasa A1 (EC 3.1.1.32) odštěpuje z fosfatidů mastnou kyselinu vázanou na uhlík C1 glycerolu zatímco fosfolipasa A2  (EC 3.1.1.4) mastnou kyselinu vázanou na uhlík C2.

enzymy – regulovatelnost aktivity

angl. enzyme activity regulation, základní vlastnost enzymů, umožňující řízení chemických dějů v buňce. Aktivita enzymů může být regulována na několika úrovních:

enzymy reprimovatelné

angl. reducable enzymes, enzymy, jejichž exprese v buňce může být tlumena (bržděna nebo zastavena) vnějšími podmínkami (srov. enzymy indukovatelné).

enzymy – rozdělení do tříd

angl. enzyme classification, rozdělení enzymů podle charakteru katalyzované reakce (zejména podle specifity účinku):
  1. oxidoreduktasy (katalyzují intermolekulární oxidačně-redukční reakce, např. ethanol + NAD+→ acetaldehyd + NADH + H+, alkoholdehydrogenasa, EC 1.1. 1.1);
  2. transferasy (přenos chemických skupin z molekuly donoru na akceptor, např. ATP + glukosaglukosa-6-fosfát + ADP, hexokinasa EC 2.7.1.1);
  3. hydrolasy (štěpení vazeb vodou, např. sacharosa + H2O → glukosa + fruktosa, invertasa EC 3.2.1.26);
  4. lyasy (nejčastěji adice na dvojnou vazbu nebo eliminace za vzniku dvojné vazby, např. hydratace fumarátu v citrátovém cyklu -OOC-CH=CH-COO- + H2O → -OOC-CH(OH)-CH2-COO-, fumaráthydratasa EC 4.2.1.2);
  5. isomerasy (isomerace, např. L-alanin → D-alanin, alaninracemasa EC 5.1.1.1);
  6. ligasy (spojení dvou molekul, k němuž se dodává energie štěpením ATP nebo GTP, např. karboxylace pyruvátu na oxalacetát CH3-CO-COO- + CO2 + ATP + H2O → -OOC-CH2-CO-COO- + ADP + Pi, pyruvátkarboxylasa EC 6.4.1.1);
  7. translokasy (aktivní transport částic na úkor energie, uvolňované chemickými reakcemi, např. Na,K-ATPasa, katalyzující transport Naz buňky a K+ do buňky za současného štěpení ATP na ADP a Pi; třída zavedená v r. 2018).

enzymy – stereospecifita

angl. enzyme stereospecificity, schopnost enzymu
Stereospecifita je důsledkem toho, že enzym (a tedy i jeho aktivní centrum) je vybudován z chirálních monomerních jednotek (L-aminokyselin), a je proto chirální jako celek. Za práci zabývající se stereochemií enzymových reakcí obdržel roku 1975 J. W. Cornforth Nobelovu cenu.

enzymy – substrátová specifita

angl. substrate specificity of enzymes, schopnost enzymu přeměňovat z množiny substrátů, které by mohly podléhat dané chemické přeměně, jen některé. Tuto jedinečnou vlastnost enzymů si vysvětlujeme tím, že do aktivního místa enzymu se mohou vázat jen molekuly určitého tvaru a vyhraněných schopností nekovalentně interagovat s vazebnými skupinami enzymu (srov. enzymy – mechanismus působení). Substrátová specifita může být absolutní (přeměňuje se jen jeden substrát) nebo skupinová, kdy enzym může katalyzovat přeměnu několika podobných substrátů; zvláštním typem této specifity je stereospecifita. Za kvantitativní míru substrátové specifity (vhodnost určitého substrátu pro daný enzym) bývá považován poměr limitní rychlosti ku Michaelisově konstantě (Vlim/Km) (viz enzymy – kinetika); tento parametr je vhodný pro nízké koncentrace substrátu ([S] << Km).

enzymy – účinková specifita

též specifita reakční, angl. reaction specificity of enzymes, schopnost enzymu katalyzovat pouze určitou reakci daného substrátu. Tato specifita bývá velmi vyhraněná, což dovoluje buňce přesně rozhodovat o tom, které reakce daného substrátu budou v určitou chvíli preferovány; na druhou stranu to znamená, že pro každou reakci daného substrátu si musí buňka syntetizovat jiný enzym. Zvláštním typem této specifity je regiospecifita.

epigenetika

angl. epigenetics, vědní obor zabývající se změnami v genové expresi způsobenými modifikacemi DNA či funkčně souvisejících bílkovin. K nejvýznamnější epigenetickým modifikacím patří methylace bází DNA nebo acetylace histonů. Některé tyto modifikace mohou být dědičné.

epimery

angl. epimers, diastereoisomery monosacharidů, které se liší konfigurací na atomu uhlíku sousedícím s karbonylovou skupinou. (V anglickém názvosloví jsou to jakékoli diastereoisomery monosacharidů lišící se konfigurací na jednom uhlíku kromě uhlíku poloacetalového.) Přechod mezi jednotlivými epimery katalyzují enzymy epimerasy (EC 5.1.3.-; EC 5.1.99.-) ze třídy isomeras, uplatňující se např. v pentosovém a Calvinově cyklu.

ergosterol

angl. ergosterol, provitamin D. Vyskytuje se ve větším množství v houbáchErgosterol structure.svg a v pekařském droždí. Působením ultrafialového záření přechází na aktivní vitamin D (kalciferol).

Ernst Richard Robert

Richard R. Ernst 1980s (cropped).jpgšvýcarský chemik (1933–2021), Nobelova cena (chemie, 1991) za příspěvek k rozvoji metody nukleární magnetické resonance (NMR) s vysokým rozlišením. V mládí se intenzivně věnoval hudbě, zejména hře na violoncello, posléze se však rozhodl studovat chemii na Federální polytechnice v Zürichu (ETH), kde se již jako postgraduální student začal zabývat NMR. Tuto metodu dále rozvíjel v laboratořích firmy Varian Associates v Palo Alto (USA), kde se podílel na zavedení Fourierovy transformace a 13C-NMR-spektroskopie. Po návratu do Švýcarska (ETH) zavedl se svými spolupracovníky dvojrozměrnou NMR. Za rozvoj této metodiky pro studium biomakromolekul dostal pak K. Wüthrich z ETH Zürich Nobelovu cenu o 11 let později.

erythrocyt

správněji červená krvinka, angl. erythrocyte / red blood cell / red cell, Redbloodcells.jpgkrevní tělísko bikonkávního tvaru. Obsahuje vysoký podíl hemoglobinu (přes 30 hmotn. %), jehož funkcí je přenášet kyslík z plic do tkání. Erythrocyt se podílí také na transportu CO2 z tkání do plic. Erythrocyty tvoří přibližně 40 % objemu krve, a proto jejich vlastnosti rozhodují o hydrodynamickém chování této kapaliny. Zralé savčí erythrocyty neobsahují jádro. Protože nemají ani mitochondrie, nemohou využívat citrátový cyklus, β-oxidaci mastných kyselin ani dýchací řetězec; nejdůležitějšími katabolickými procesy jsou pro ně mléčná glykolysa (zdroj ATP) a pentosový cyklus (zdroj NADPH). Jejich buněčná membrána obsahuje na vnitřní straně mohutnou dvourozměrnou síť periferních bílkovin (nazývá se membránový skelet), který udržuje integritu a zvláštní tvar těchto tělísek.

erythropoesa

angl. erythropoiesis, proces, jímž z kmenových buněk v kostní dřeni vznikají zralé červené krvinky (z řeckého „erythro“ = červený a „poiesis“ = vytvořit). Je stimulován snížením parciálního tlaku O2 v krevním oběhu, v jehož důsledku ledviny a játra vylučují hormon erythropoetin.

erythropoetin

zkr. Epo, angl. erythropoetinhormon povahy glykoproteinu. Je syntetizován v ledvinách a játrech. Stimuluje tvorbu a uvolňování červených krvinek (erythropoesu) jakožto odpověď na nedostatek kyslíku. Ještě v nedávné minulosti byl zneužíván sportovci ke zvýšení schopnosti krve zásobovat tkáně (zejména svaly) kyslíkem.

estrogeny

angl. estrogens, ženské (samičí, feminizující) pohlavní hormony, především estradiol (nejúčinnější), estron a estriol, které se vytvářejí hlavně ve vaječnících. Při pohlavním dospívání podporují růst ženských pohlavních orgánů (dělohy, pochvy) a vývoj sekundárních pohlavních znaků. U dospělých žen jejich hladina kolísá v pravidelném měsíčním rytmu (menstruační cyklus). U samic ostatních živočichů je produkce estrogenů závislá na sezoně a vyvolává estrální chování (říje). Menší množství estrogenů (i androgenů) vzniká v kůře nadledvin u obou pohlaví. U mužů se tvoří také ve varlatech, ale především vznikají chemickou přeměnou mužských pohlavních hormonů (testosteronu, androstendionu) cirkulujících v krvi. Estrogeny způsobují zadržování sodíku a vody v těle (přibývání hmotnosti), významně snižují hladinu cholesterolu v krvi, podporují tvorbu kostní dřeně a příznivě ovlivňují funkce nervového systému.                                                                    

eukaryota

angl. eukaryots, organismy s morfologicky diferencovaným buněčným jádrem (eu = pravý, karyos = jádro, viz organismy - rozdělení podle vnitřní organizace buněk). Na rozdíl od prokaryot obsahují jejich buňky cytoskelet a mnoho buněčných organel, oddělených od cytosolu membránami. Mezi eukaryota patří živočichové, rostliny, vyšší i nižší houby (včetně kvasinek) a protozoa (prvoci).

exocytóza

angl. exocytosis, proces zajišťující vylučování látek (zejména makromolekulárních) z buněk do extracelulárního prostoru. Realizuje se splynutím sekrečních váčků, vznikajících obvykle odškrcením z Golgiho aparátu, s buněčnou membránou a vylitím jejich obsahu. Vyvolává ji působení různých signálů, které obvykle vedou k lokálnímu zvýšení koncentrace Ca2+. Mechanismem exocytózy se vylučují extracelulární bílkoviny, neurotransmitery, bílkovinné a peptidové hormony, protilátky atd. Tímto mechanismem se též zvětšuje plocha buněčné membrány před dělením buňky.

exon

angl. exon, úsek genu, který kóduje část funkční RNA. V eukaryotní DNA jsou v genu tyto sekvence přerušovány sekvencemi nekódujícími (srov. introny), které musí být před dalším využitím nově syntetizované RNA odstraněny (viz sestřih RNA).

exonukleasy

angl. exonucleases, EC 3.1.11.-EC 3.1.13.-EC 3.1.14.-EC 3.1.15.-EC 3.1.16.-, hydrolasy odštěpující nukleotidy z konců řetězců nukleových kyselin.

exopeptidasy

angl. exopeptidases, hydrolasy odštěpující aminokyseliny nebo dipeptidy z konců polypeptidových řetězců. Rozlišujeme aminopeptidasy (EC 3.4.11.-; EC 3.4.14.-), odštěpující aminokyseliny z N-konců, a karboxypeptidasy (EC 3.4.15.-; EC 3.4.16.-; EC 3.4.17.-; EC 3.4.18.-), působící na C-konce řetězců.

exprese genetické informace

též genová exprese, angl. gene expresion, komplexní proces, v jehož průběhu se podle určitého genu (úseku v molekule DNA) procesem transkripce syntetizuje mRNA a podle ní pak procesem translace bílkovina (viz proteosyntéza). Proteiny jsou v rámci tohoto procesu posttranslačně upravovány, u eukaryot jsou posttranskripčně upravovány i molekuly mRNA. Má smysl hovořit i o expresi genů, které kódují funkční RNA (tRNA, mRNA atd.).

Page:  1  2  3  4  5  6  (Next)
  ALL