systémové (též systematické), vytvářené podle daných pravidel Mezinárodní unie pro čistou a aplikovanou chemii (IUPAC) a Mezinárodní unie biochemie a molekulární biologie (IUBMB). Je založeno (až na výjimky) pouze na účinkové specifitě a substrátové specifitě enzymů a vychází z rozdělení enzymů do sedmi tříd (viz enzymy - rozdělení do tříd). Vedle tohoto jednoznačného a vysoce informativního, byť v běžné praxi poněkud nepohodlného názvosloví má každý enzym ještě své katalogové číslo (viz EC, enzymový katalog).
České názvosloví enzymů (viz Koštíř J. a Kotyk A.: Chemické listy 70, 493-503 (1976)) vychází z práce České názvoslovné komise pro biochemii při ČSAV z první poloviny 70. let 20. století. V zásadě přejímá mezinárodní názvosloví, za zmínku stojí několik specifik vycházejících z obecných pravidel českého jazyka a oficiálního chemického názvosloví:
Podporuje užívání pojmu "enzymový" a vylučuje pojem "enzymatický", který "neodpovídá českému způsobu tvoření slov".
Jednoznačně doporučuje používání přípony -asa; příponu -áza připouští pouze "v populární literatuře" (v současnosti často v nechemicky, tedy zejména biologicky či medicínsky zaměřených textech).
Vyžaduje užívání názvů látek, jež odpovídají současnému anorganickému a organickému chemickému názvosloví, tedy v žádném případě ne glukóza (glukosa), etanol (ethanol) apod.!
Doporučuje užívání jasně srozumitelných chemických vzorců jednoduchých látek (raději např. O2 místo kyslíku, CO2 místo oxidu uhličitého nebo NH3 místo amoniaku).