proteolytický enzym obsažený v žaludku všech obratlovců (kromě některých ryb, např. kapr). Má nejvyšší aktivitu při nízkém pH, odpovídajícím
podmínkám v žaludku (1,5 - 3,5); nad pH 6 je inaktivován denaturací. Nemá velkou specifitu, nejlépe štěpí peptidové vazby na karboxylové straně aromatických aminokyselin (Tyr, Phe). Produktem působení pepsinu na bílkoviny je tzv. pepton, směs peptidů obsahujících obvykle 3 - 30 aminokyselinových zbytků. Pepsin je synthetisován buňkami žaludeční sliznice ve formě proenzymu pepsinogenu, který je v kyselém prostředí aktivován působením pepsinu (viz autokatalysa).
II 