Jednou z optických vlastností vody je vertikální viditelnost neboli průhlednost. Průhlednost vody bývá snížena zákalem (turbiditou), který je dán přítomností suspendovaných látek ve vodě. Zdroje těchto látek mohou být různé, jedná se zejména o rozptýlené organické látky, naplaveniny usaditelné a neusaditelné. Na zvýšení hodnoty zákalu přispívá období cirkulací, jarní tání sněhu a ledu, větrné a suché podnebí či nárůst fytoplanktonu v jarním období. Zákal způsobený zvýšeným výskytem organismů se nazývá vegetační zákal či vegetační zbarvení vody, a má zcela jiný charakter než zákal způsobený anorganickými částicemi.

Průhlednost se měří SECCHIHO deskou - kotouč o průměru cca 30 cm, rozdělený na čtyři kvadranty, střídavě natřené černě a bíle (tj. dva bílé kvadranty a dva černé kvadranty naproti sobě). Deska je upevněna na laně s vyznačeným měřítkem, po zatěžkání se spouští pod vodu až do doby, kdy je možné barvy na kotouči od sebe rozeznat. SECCHIHO desku je možné použít i pro vyjádření zdánlivé barvy vody, určené barvou vody promítnuté na bílé ploše desky. Deska se ponořuje do hloubky odpovídající polovině průhlednosti.

Obsah rozpuštěných látek ve vodách ovlivňuje další optický parametr vodního biotopu - barvu. Barva vody je skutečná či druhotně překrytá působením různých faktorů. Už samotný odraz oblohy, přítomnost okolní vegetace či zbarvení dna se podílí na výsledné barvě vody. K tomu navíc přistupuje vliv přítomnosti suspendovaných partikulí, zejména huminových látek a fytoplanktonu (viz hustota, viskozita a povrchové napětí).

  Grafy souvislostí do úrovně:      I       II       III