vysoce konservativní bílkovina přítomná u všech eukaryotních organismů. Váže se svým C-koncovým karboxylem na ε-aminoskupiny v postranním řetězci bílkovin a označuje je tak pro další odbourání proteasomem. Pro rychlost značení ubiquitinem (a tím i pro rychlost odbourávání intracelulárních bílkovin) je rozhodující druh aminokyseliny, vázané na N-konci polypeptidového řetězce. Za objev ubiquitinem zprostředkovaného odbourávání proteinů získali roku 2004 A.Hershko, I.Rose a A.Ciechanover Nobelovu cenu.