třída enzymů, které katalysují energeticky náročné slučování dvou látek (S1 a S2). Energie pro tuto reakci se získá štěpením nukleosidtrifosfátu (NTP), obvykle ATP nebo GTP; jejich štěpením může vzniknout nukleosiddifosfát (NDP) a anorganický fosfát (Pi) nebo nukleosidmonofosfát (NMP) a anorganický difosfát (PPi). Souhrnnou reakci lze tedy zapsat: S1 + S2 + NTP + H2O → S1-S2 + NDP + Pi nebo S1 + S2 + NTP + H2O → S1-S2 + NMP + PPi. Mezi typické reakce katalysované ligasami patří připojení malých molekul (CO2 nebo NH3) k větší molekule a vytvoření thioesterové vazby (vazba kyselin na koenzym A) nebo esterové vazby (spojení tRNA s aminokyselinou, viz aminoacyl-tRNA-ligasy). Bývají též označovány jako synthetasy.