Jde o komplexní kondensační děj, který využívá některých enzymových systémů citrátového cyklu. Klíčovou reakcí je štěpení isocitrátu za vzniku sukcinátu a glyoxylátu (OHC-COO^-); ten v dalším kroku kondenzuje s aktivovaným acetylem. U rostlin a některých mikroorganismů slouží k synthese oxalacetátu (prekursoru biosynthesy sacharidů procesem glukogenese) z dvouuhlíkatých štěpů (acetyl-CoA), získaných nejčastěji β-oxidací mastných kyselin. Protože živočichové tento cyklus nemají, nemohou z mastných kyselin, uvolněných z lipidů, synthetisovat sacharidy.