Biochemický slovník

též palindrom, angl. palindromic sequence nebo palindrom sequence, sled znaků, které se čtou stejně zleva doprava jako zprava doleva; v biochemii úsek dvouřetězcové DNA, jehož pořadí bází je v obou vláknech totožné při protisměrném čtení (viz ukázka). Palindromy bývají cílovou sekvencí pro restrikční endonukleasy; rozsáhlejší palindromní sekvence mohou vytvářet vlásenky.

též vedoucí, řídící či pre-sekvence, angl. signal peptide, signal sequence, targeting signal, localization signal, localization sequence, transit peptide, leader sequence nebo leader peptide, krátký, obvykle hydrofobní úsek na N-konci polypeptidového řetězce bílkoviny, který směruje danou bílkovinu k určité sekreční dráze. Tato sekvence rozhoduje o tom, zda nově syntetizovaná bílkovina v eukaryotní buňce vstoupí do např. do endoplasmatického retikula (viz transport do endoplasmatického retikula), kde bude dále upravována, do jádra, do mitochondrie nebo do endosomů nebo bude začleněna do buněčné membrány. Signální sekvenci rozpoznává ribonukleoprotein, zvaný částice rozpoznávající signál (signal recognition particle, SRP). V rámci posttranslačních úprav je tato sekvence proteolyticky odstraněna (srov. pre-sekvenci insulinu). Za objev, že proteiny obsahují vnitřní signál, který řídí jejich transport a lokalizaci v buňce, obdržel roku 1999 G. Blobel Nobelovu cenu.  

angl. leading nebo signal sequence in mRNA, nepřekládaný úsek na 5′-konci mRNA, končící iniciačním kodonem, kde začíná translace.

nebo sekvencování, angl sequencing, určování primární struktury (pořadí monomerních jednotek) biopolymeru laboratorními metodami.

angl. protein sequencing, klasicky se provádí Edmanovým odbouráváním, kdy se z N-konce polypeptidového řetězce pomocí fenylisothiokyanátu postupně odštěpují definované deriváty aminokyselin (thiohydantoiny, viz schéma), které se pak identifikují pomocí různých, nejčastěji chromatografických metod. Tímto opakujícím se procesem lze stanovit i několik desítek aminokyselinových zbytků. Pokud je sekvenovaný peptidový řetězec delší, rozštěpí se nejdříve na několik kratších fragmentů specifickými endopeptidasami (nejčastěji trypsinem a chymotrypsinem). V posledních letech se při sekvenování bílkovin stále více uplatňuje hmotnostní spektrometrie, kde se touto metodou určí buď hmotnost jednotlivých fragmentů, které se pak srovnají se standardy, nebo se tyto fragmenty přímo osekvenují. Ukazuje se také, že je-li k dispozici mRNA kódující danou bílkovinu, bývá snadnější pomocí reverzní transkripce získat odpovídající cDNA, tu osekvenovat (sekvenování DNA) a pomocí známého genetického kódu zpětně určit sekvenci studované bílkoviny. Za práci na (primární) struktuře proteinů, zvláště insulinu, získal roku 1958 F. Sanger Nobelovu cenu.

angl. DNA sequencing, klasicky se provádí Sangerovou dideoxy-metodou. Při ní se využívá biosyntetické reakce katalyzované DNA-polymerasou. Do reakční směsi obsahující sekvenovanou DNA se vedle potřebných deoxyribonukleosidtrifosfátů (viz replikace) přidává malé množství určitého dideoxyribonukleosidtrifosfátu (např. ddCTP); pokud je ddCMP zařazen do řetězce, syntéza se ukončí. Vznikne tak řada různě dlouhých řetězců, které všechny končí ddCMP; tyto řetězce se rozdělí gelovou kapilární elektroforézou podle své molekulové hmotnosti. Pokus se provede pro všechny čtyři dideoxyribonukleotidy a pak je již snadné odečíst primární strukturu původního řetězce. Za vývoj metody, umožňující stanovení sekvence deoxynukleotidů v DNA, získali roku 1980 F.Sanger a W.Gilbert Nobelovu cenu.

též přirozený výběr, angl. (natural) selection, základní pojem evoluční teorie, vychází z představy, že hnací silou biologického vývoje je přirozený výběr úspěšnějších jedinců, kteří se odlišují geneticky zakotvenými vlastnostmi (důsledek křížení nebo mutací).

Sec (často též SeCys) nebo U, angl. selenocysteine, selenový analog cysteinu (záměna síry za selen); vzácná aminokyselina obsažená např. v savčí glutathionperoxidase (EC 1.11.1.9) a v některých bakteriálních enzymech. O SeCys se hovoří jako o 21. proteinogenní aminokyselině. Nevzniká posttranslační modifikací, jeho kodonem je UGA, který běžně působí jako STOP-kodon; mRNA pro selenocystein má zvláštní sekundární strukturu, která umožňuje rozpoznat okolí kodonu UGA a zajistit, aby SeCys byl při translaci inkorporován do bílkoviny.

Ser nebo S, angl. serine, polární proteinogenní neesenciální glukogenní aminokyselina. Je hlavní složkou bílkoviny fibroinu. Ve fosfoproteinech může být jeho hydroxylová skupina esterifikována zbytkem kyseliny fosforečné. Na postranní řetězec serinu může být v proteinech O-glykosidovou vazbou navázán oligosacharidový řetězec (O-glykoproteiny). Může být syntetizován vratnou reakcí z aminokyseliny glycinu (přenos hydroxymethylové skupiny pomocí tetrahydrofolátu) nebo z 3-fosfoglycerátu (meziprodukt glykolysy). Serin je součástí aktivního centra některých proteolytických enzymů (tzv. serinových proteas, např. trypsin, chymotrypsin, elastasa, thrombin, plasmin), ale také např. lipas. Tvoří polární část některých fosfatidů (fosfatidylserin).