Biochemický slovník

angl. photophosphoralytion, syntéza ATP při fotosyntéze, probíhající podle rovnice ADP + P_i  → ATP + H₂O. Jedná se o typ membránové fosforylace, kdy proton-motivní síla je generována na úkor zachycené světelné energie. Rozlišují se dva způsoby provedení tohoto děje:

též Hillova reakce, angl. water photolysis, rozklad vody při fotosyntéze u sinic, řas a vyšších rostlin. Po absorpci světelného kvanta se z molekuly chlorofylu v reakčním centru fotosystému II uvolní elektron, který je použit v dalších reakcích fotosyntézy; tento elektron je posléze nahrazen elektronem z molekuly vody a molekulový kyslík se uvolňuje. Obvykle se tato reakce vyjadřuje v symbolické podobě: 2 H₂O → O₂ + 4 H⁺ + 4 e^-. Vzhledem k tomu, že uvolněný elektron ve skutečnosti nahrazuje elektron, použitý pro redukci NADP, je lépe celkovou bilanci děje vyjádřit jako: H₂O + NADP⁺→ ½ O₂ + NADPH + H⁺ (viz fotoredukce). Atom kyslíku ve vodě zde působí, v rozporu se vší chemickou zkušeností (kyslík se přece považuje za prototyp oxidačního činidla), jako redukční činidlo. Fotolýza vody je jediným zdrojem molekulového kyslíku na Zemi.

angl. photoreduction, redukce NADP⁺ při fotosyntéze: NADP⁺ + 2 e^- + H⁺ → NADPH. V celkové bilanci fotosyntézy může být zdrojem elektronů voda (viz fotolýza vody) nebo jiný zdroj elektronů (viz oxygenní a anoxygenní fotosyntéza).

angl. photorespiration, světelné dýchání rostlin. Enzym ribulosa-1,5-bisfosfátkarboxylasa/oxygenasa (viz RUBISCO) má schopnost 
vázat na substrát (ribulosa-1,5-bisfosfát) oxid uhličitý, ale také kyslík. K fotorespiraci dochází oxygenasovou aktivitou tohoto enzymu. Po navázání kyslíku vzniká nestálý meziprodukt s pěti atomy uhlíku, který se rozpadá na dva produkty, jeden se třemi a druhý se dvěma atomy uhlíku. Tříuhlíkatý produkt (3-fosfoglycerát) vstupuje do reakcí Calvinova cyklu, dvouuhlíkatý (2-fosfoglykolát) je dále metabolizován v peroxisomu na glyoxylát, který může přijmout aminoskupinu a stát se tak prekursorem syntézy glycinu a následně serinu. Většina glyoxylátu je však katabolizována až na CO₂, a proto fotorespirace působí značný pokles produkce sacharidů. Dochází k ní především u C₃-rostlin (viz rostliny C3, C4 a CAM), kde může způsobit ztrátu 20 až 40 % primárně zachyceného CO₂.
                        

angl. photosynthesis, proces zahrnující zachycení energie světelného záření, její uložení ve formě energie chemických vazeb a její následné využití pro přeměnu anorganických látek (zejména CO₂) na látky organické. Fotosyntéza je nejdůležitější biochemický proces na Zemi. Probíhá v zelených částech rostlin, fototrofních bakteriích a řasách. U eukaryot je lokalizována v chloroplastech, specializovaných organelách obsahujících chlorofyl. Ve vnitřních membránách chloroplastů (thylakoidech) jsou zakotveny dva typy fotosystémů absorbujících světelnou energii. Takto získaná energie je ve světlé fázi fotosyntézy přímo využita k redukci NADP⁺ na NADPH (viz fotoredukce), ale také uložena do formy proton-motivní síly a následně do chemické struktury ATP (viz fotofosforylace). Tyto látky jsou nezbytné pro následující temnou fázi fotosyntézy, kde se zabudovává CO₂ (v Calvinově cyklu), ale také anorganický dusík a síra do organických sloučenin. Podle prvních kroků fixace CO₂ dělíme rostliny na C₃, C₄ a CAM (viz rostliny C3, C4 a CAM).

angl. oxygenic and anoxygenic fotosynthesis, dvě varianty světlé fáze fotosyntézy. Při oxygenní fotosyntéze je donorem elektronů pro fotoredukci voda (resp. její kyslík, viz fotolýza vody), při anoxygenní nějaký jiný donor elektronů. 
Anoxygenní fotosyntéza je vývojově starší forma, v současnosti přetrvávající pouze u některých bakterií, které mohou být fotolithotrofní nebo fotoorganotrofní (viz organismy – rozdělení podle způsobu výživy). Donorem vodíku pro fotoredukci je u fotolithotrofních bakterií nejčastěji sulfan (produkují síru), u fotoorganotrofních bakterií organická látka, např. 2-propanol (produkují aceton) nebo mastná kyselina. Konečným akceptorem vodíku je vždy oxid uhličitý, který je, jako při každém fotosyntetickém procesu, redukován a zabudován do organických molekul, především do sacharidů. Protože při anoxygenní fotosyntéze mají donory elektronů nižší redoxní potenciál (jsou slabšími oxidačními činidly) než kyslík a uvolňují tedy elektron snáze, mohou fotosyntetizující bakterie vystačit s jediným fotosystémem.

angl. photosystems, membránové strukturní jednotky zachycující a využívající světelnou energii, též kvantosomy. Jsou uloženy ve velkém množství ve vnitřních membránách chloroplastů (v thylakoidech). Rozlišujeme dva typy, fotosystém I a fotosystém II (PS I a PS II). Jsou tvořeny anténním komplexem (LHC) a reakčním centrem (RC). Molekuly LHC absorbují světelnou energii a přenášejí ji do RC, kde je přítomen chlorofyl a, vázaný na specifický protein. Při excitaci se dramaticky sníží redoxní potenciál tohoto chlorofylu, který se tak stává silným redukčním činidlem a je schopen přenést svůj elektron na molekulu příslušného přenašeče. Absorpční maximum chlorofylu a v PS I je 700 nm, v PS II 680 nm, proto jsou někdy označovány jako fotosystém P₇₀₀ a P₆₈₀.

angl. Okazaki fragments, polydeoxyribonukleotidy, které jsou syntetizovány při replikaci jakožto úseky zpožďujícího se řetězce, aby byly posléze spojeny DNA-ligasou a vytvořily jediné vlákno. Každý úsek se syntetizuje jako samostatná jednotka včetně iniciace pomocí RNA-polymerasy. U prokaryot mají Okazakiho fragmenty délku 1 000 až 2 000 deoxyribonukleotidů, u eukaryot jsou mnohem kratší (100 až 200 deoxyribonukleotidů).

též ovocný cukr, angl. fructose, nejrozšířenější ketohexosa, nejsladší přírodní cukr. Jako všechny významné monosacharidy existuje v přírodě téměř výhradně v konfiguraci D; otáčí však rovinu lineárně polarizovaného světla vlevo, proto se pro ni používá tradiční synonymum levulosa. Fruktosa se vyskytuje v různých rostlinných šťávách a v medu. Je rychleji stravitelná než glukosa. Disacharid tvořený fruktosou a glukosou je sacharosa. Fruktosa (resp. její aktivované formy, fruktosa-6-fosfát a fruktosa-1,6-bisfosfát) jsou meziprodukty glykolysy, glukogenese, pentosového a Calvinova cyklu. Fruktosa-2,6-bisfosfát je důležitým regulačním metabolitem.