Biochemický slovník

též glyceronfosfát, angl. dihydroxyacetone phosphate, meziprodukt glykolysy a glukogenese, účastník glycerolfosfátového kyvadla. Vzniká též v regenerační fázi pentosového cyklu. Redukcí přechází na sn-glycerol-3-fosfát, který je po převedení na kyselinu fosfatidovou prekursorem biosyntézy triacylglycerolů a fosfatidů.

angl. dioxygenases, skupina enzymů ze třídy oxidoreduktas, které katalyzují reakci substrátu (často i dvou různých substrátů) s molekulovým kyslíkem, přičemž oba atomy kyslíku jsou včleněny do molekul vznikajících produktů; nevzniká tedy voda (viz např. prokolagen-prolin-dioxygenasa, EC 1.14.11.2, srov. oxygenasy, monooxygenasy a oxidasy).

angl. dipeptidases, enzymy ze třídy hydrolas (EC 3.4.13.-), katalyzující štěpení dipeptidů na aminokyseliny: AK₁-AK₂ + H₂O → AK₁ + AK₂.

angl. disaccharides, oligosacharidy tvořené dvěma monosacharidovými jednotkami, spojenými O-glykosidovou vazbou. Nejdůležitějšími disacharidy vyskytujícími se v přírodě volně jsou řepný (též třtinový) cukr sacharosa, mléčný cukr laktosa a sladový cukr maltosa. Pokud má disacharid volnou poloacetalovou hydroxylovou skupinu (maltosa, laktosa), vykazuje redukční vlastnosti; sacharosa patří naopak mezi neredukující sacharidy.

angl. deoxyribonucleic acid, deoxyribonukleová kyselina, polymer deoxyribonukleotidů (dAMP, dGMP, dCMP a dTMP) spojených fosfodiesterovými vazbami. Nachází se ve všech živých buňkách schopných dělení a v některých virech. V eukaryotních buňkách je uložena v jádře; svou vlastní DNA mají také mitochondrie a chloroplasty. Je nositelkou genetické informace; v pořadí bází (resp. deoxyribonukleotidů) je zakódována informace o složení ribonukleových kyselin, a tím i bílkovin daného organismu. DNA je složena ze dvou komplementárních (ne však identických) vláken. Základní prostorovou strukturou DNA je dihelix, tvořící B-strukturu; existují i další sekundární struktury DNA (Z-struktura, různé ohyby apod.). DNA v neutrálním prostředí nese díky fosfátovým zbytkům značný negativní náboj, který je v buněčném prostředí kompenzován kationty kovů (K⁺, Mg²⁺) a kladně nabitými (bazickými) bílkovinami; v eukaryotní buňce jsou těmito bílkovinami histony, které spolu s DNA vytvářejí charakteristické struktury, nukleosomy. Vyšší nukleoproteinovou strukturou, charakteristickou pro jednotlivé druhy organismů, jsou chromosomy. Biosyntéza DNA probíhá složitým procesem, na němž se podílí několik enzymů a dalších bílkovinných faktorů; při tomto procesu spojeném s dělením buněk dochází ke zdvojení molekuly DNA a nazývá se proto replikace. DNA slouží v procesu transkripce jako templát pro syntézu RNA. Obsahuje též řadu úseků, které se podílejí na regulaci exprese jednotlivých bílkovin; funkce mnohých úseků DNA (např. intronů) není dosud plně pochopena.

též genomová knihovna, angl. DNA-library, uměle vytvořená množina buněčných klonů, z nichž každý obsahuje klonovací vektor, do něhož je začleněn náhodný úsek DNA ze studovaného organismu. Snahou je získat takovou množinu klonů, které by pokryly celý genom. Sekvenováním namnožené DNA lze pak získat sekvenci celého organismu.

angl. DNA-ligases, enzymy katalyzující spojení dvou polydeoxyribonukleotidových řetězců (EC 6.5.1.1; EC 6.5.1.2). Podílejí se na replikaci DNA (spojování Okazakiho fragmentů) a na opravách poškozené DNA. Často se využívají v genovém inženýrství při začleňování DNA do vektorů.

angl. DNA-polymerases, enzymy ze třídy transferas, katalyzující prodlužování polydeoxyribonukleotidových řetězců. Do reakce vstupují deoxyribonukleosidtrifosfáty, z nichž jsou deoxyribonukleotidy připojovány k rostoucímu řetězci a difosfátové zbytky odštěpovány: (polydeoxyribonukleotid)_n + dNTP → (polydeoxyribonukleotid)_n+1 + PP_i.   Všechny dělící se buňky obsahují DNA-polymerasy, které podle existujícího řetězce DNA (templátu) syntetizují komplementární řetězec (DNA-dependentní DNA-polymerasy,  EC 2.7.7.7). Některé viry (retroviry) obsahují enzym, který syntetizuje DNA doplňkovou k řetězci RNA (RNA-dependentní DNA-polymerasa neboli reverzní transkriptasa, EC 2.7.7.49, viz reverzní transkripce). DNA-dependentní DNA-polymerasa se využívá v genovém inženýrství, především při sekvenování DNA a při polymerasové řetězové reakci.

angl. DNA-probe, jednořetězcový oligo(deoxy)ribonukleotid, který má sekvenci komplementární k úseku řetězce DNA, jehož přítomnost v daném materiálu potřebujeme ověřit. DNA-sonda je označena radioaktivními nuklidy nebo fluorescenční značkou a je ji tedy možno identifikovat v případě, že se na principu komplementarity zachytí na testované imobilizované DNA; tím se potvrdí přítomnost dané charakteristické sekvence (určitého genu, charakteristického úseku pro daný organismus či jedince apod.). Na stejném principu lze identifikovat i řetězec RNA s určitou sekvencí.