zkr. sekvenování nové generace, angl. Next-Generation Sequencing, souhrnné označení pro moderní metody sekvenování DNA, zavedené v období od konce 20. století. Tyto nové metody (metody druhé generace) přinášejí oproti klasické Sangerově metodě výhodu v tom, že umožňují rychlejší a levnější sekvenování velkých genomů. DNA je zde rozdělena na krátké úseky, které jsou pak specificky namnoženy a sekvenovány. Při sekvenační reakci katalyzované DNA-polymerasou jsou detekovány jednotlivé komplementárnínukleotidy postupně připojované k amplifikovanému vláknu, např. metodami Solid, Solexa nebo Iont Torrent. Tímto způsobem je produkováno velké množství dat (každý fragment je sekvenován několikrát) a získané fragmenty jsou pak skládány pomocí výkonných počítačů do celkové sekvence analyzované DNA. V současnosti jsou k dispozici citlivé metody třetí generace, které umožňují sekvenování jediné molekuly DNA v reálném čase (např. jednomolekulové sekvenování v reálném čase (angl. single-molecule real-time sequencing, SMRT), či nanopórové sekvenování).