angl. hydrophobic interactions, vzájemné
nekovalentní interakce povrchů, které s vodou nemají entalpicky výhodné interakce typu vodíkových můstků nebo elektrostatických interakcí, tedy především nepolárních částí molekul. Tím, že se k sobě dva hydrofobní povrchy těsně přiblíží, molekuly vody, které je předtím pokrývaly, se uvolní a nadále se pohybují jako součást vodného prostředí, čímž entropie systému vzroste a Gibbsova energie klesne. Entropický zisk je tedy hlavní silou, která fixuje dva hydrofobní povrchy v těsné interakci. Ukazuje se, že hydrofobní interakce jsou rozhodujícím prvkem stabilizace trojrozměrné struktury globulárních bílkovin, ale i dihelixuDNA a biologických membrán.