angl. endonucleases, enzymy, které katalyzují hydrolytické štěpení nukleových kyselin uvnitř řetězce (EC 3.1.21.-; EC 3.1.22.-; EC 3.1.25.-; EC 3.1.26.-; EC 3.1.27.-; EC 3.1.30.-; EC 3.1.31.-). Endonuklesy s relativně malou specifitou se účastní procesu trávení. Naopak restrikční endonukleasy prokaryotního původu štěpí řetězce DNA v místě s určitým sledem bází, obvykle palindromního charakteru; využívají se v genovém inženýrství pro cílené štěpení DNA. Za objev restrikčních enzymů (endonukleas) a jejich aplikaci v molekulové genetice získali roku 1978 W. Arber, D. Nathans a H. O. Smith Nobelovu cenu.