angl. thylakoids, váčky uvnitř chloroplastů vyšších rostlin a v buňkách sinic; probíhá v nich světlá fáze fotosyntézy. Jsou to malé ploché útvary ohraničené biologickou membránou. Jejich vnitřní prostor se nazývá lumen. V důsledku aktivního transportu vodíkových protonů do thylakoidu je u aktivně fotosyntetizujících chloroplastů pH lumen asi o 3,5 nižší než pH stromatu chloroplastu. V chloroplastech tvoří thylakoidy sloupcovité shluky, zvané grana.