Jde o komplexní kondenzační děj, který využívá některých enzymových systémů citrátového cyklu. Klíčovou reakcí je štěpení isocitrátu za vzniku sukcinátu a glyoxylátu; ten v dalším kroku kondenzuje s aktivovaným acetylem. U rostlin a některých mikroorganismů slouží k syntéze oxalacetátu (prekursoru biosyntézy sacharidů procesem glukogenese) z dvouuhlíkatých štěpů (acetyl-CoA), získaných nejčastěji β-oxidací mastných kyselin. Protože živočichové tento cyklus nemají, nemohou z mastných kyselin, uvolněných z lipidů, syntetizovat sacharidy.
z dvouuhlíkatých sloučenin (z aktivovaného acetátu):