angl. two-dimensional electrophoresis / 2D-electrophoresis, kombinace dvou elektroforetických dělení. Vzorek (nejčastěji směs
bílkovin) se nejdříve rozdělí isoelektrickou fokusací podle isoelektrických bodů jeho složek. V kolmém směru se pak elektroforézou v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti dodecylsíranu sodného (SDS-PAGE) jednotlivé bílkoviny rozdělí podle molekulových hmotností (viz elektroforéza). Tímto způsobem lze analyzovat velmi komplexní směsi, obsahující mnoho desítek bílkovin. Díky této mimořádné dělící schopnosti patřila donedávna dvojrozměrná elektroforéza k základním technikám proteomiky; dnes je často nahrazována hmotnostní spektrometrií.
Příklad dvojrozměrného elektroforeogramu: Analýza bílkovin bílých krvinek (laboratoř dr. Z. Hrkala, Ústav hematologie a krevní transfuse, Praha). Rozsah isoelektrických bodů 3 až 10, rozsah molekulových hmotností 10 až 250 kDa.