angl. hormones – classification based on chemical structure. Podle tohoto kritéria rozlišujeme:

peptidy a bílkoviny (např. hormony hypothalamu, hypofýzy, příštítných tělísek a slinivky břišní); jsou vylučovány procesem exocytózy do krevního řečiště a vážou se na membránové receptory cílových buněk, např. insulin, liberiny, statiny, glukagon, vasopresin;
deriváty aminokyselin, zejména tyrosinu a tryptofanu (hormony štítné žlázy a dřeně nadledvin), např. thyroxin, adrenalin, melatonin;
hormony steroidní, v tucích rozpustné (lipofilní) hormony, které v cílové buňce stimulují syntézu bílkovin (hormony kůry nadledvin a pohlavních žláz); procházejí membránami do nitra buněk, kde se vážou na specifické bílkovinné receptory a komplex hormonu s receptorem pak vstupuje do jádra, kde stimuluje syntézu specifické mRNA; krví je většina molekul steroidních hormonů přenášena ve vazbě na bílkovinný nosič; výchozí látkou pro jejich syntézu v těle živočichů je cholesterol, např. testosteron, progesteron, estrogen;
hormony odvozené od mastných kyselin (eikosanoidy), tkáňové hormony, jejichž prekursorem je arachidonová kyselina, např. prostaglandiny;
hormony povahy nízkomolekulárních látek (mnohé tkáňové hormony), např. oxid dusnatý.