Funkčně nejdůležitějšími částmi tRNA jsou antikodon (trojice nukleotidůkomplementární k určitému kodonu a určující specifitu tRNA pro danou aminokyselinu) a vždy stejná trojice nukleotidů CCA na 3′-konci, kam se na volnou OH-skupinu koncové ribosy esterovou vazbou váže aminokyselina za vzniku aminoacyl-tRNA (viz aminoacyl-tRNA-ligasy).