angl. biopolymer secondary structure, popis prostorových vztahů sousedních nebo blízkých částí polymerního řetězce; jiná definice: uspořádání hlavního řetězce biopolymeru bez ohledu na strukturu postranních řetězců a na vztahy k jiným molekulám. Sekundární struktura bývá často periodická (viz bílkoviny − strukturní motivy, dihelix DNA, šroubovicová struktura amylosy).