angl. bioaffinity chromatography, chromatografická metoda využívající specifické interakce, obvykle biologické povahy (enzym–substrát, enzym–inhibitor, antigen–protilátka, receptor–agonista apod.). Jeden z partnerů je pevně navázán na nosič; nazývá se zde ligand. Takto upraveným nosičem (stacionární fáze) je naplněna chromatografická kolona. V dělené směsi (mobilní fázi) je přítomna řada molekul, z nichž jen několik (nejlépe jediná) má afinitu k ligandu, navážou se na něj a ostatní složky směsi se z kolony vymyjí. Po promytí kolony se změní složení mobilní fáze tak, aby se oslabila interakce ligandu s navázanou molekulou, která se tak z kolony uvolní a získá se v relativně čisté podobě. Tento typ chromatografie se často provádí i vsádkově. Stejným způsobem může fungovat i chromatografie využívající méně specifické interakce; ligandem mohou být různá barviva či kovové ionty (hovoří se pak o afinitní chromatografii).