CH3-CO-SCoA + GDP + Pi + 2 H2O → 2 CO2 + 8 [H] + HSCoA + GTP
ukazuje, že vstupním metabolitem je acetyl-CoA, který je za součinnosti molekul vody přeměňován na oxid uhličitý; atomy vodíku (v rovnici značené [H], aktivní vodík) jsou navázány na koenzymyoxidoreduktas (NAD+ a CoQ). Následná oxidace NADH a CoQH2 v dýchacím řetězci umožňuje zisk 11 molekul ATP; další makroergická molekula (ATP nebo GTP) vzniká v citrátovém cyklu při rozkladu sukcinyl-CoA reakcí, katalyzovanou ligasou. Význam citrátového cyklu je především energetický. Neslouží však pouze ke katabolické degradaci acetylového zbytku; některé jeho meziprodukty (viz tabulka) jsou prekursory důležitých látek – proto řadíme tento cyklus mezi amfibolické dráhy. U eukaryot je lokalizován v mitochondriích, u prokaryot v cytosolu.
