bílkoviny – strukturní motivy

angl. proteins – structural motifs, charakteristické prostorové útvary, jež může zaujímat peptidový řetězec v bílkovinách. Tento modernější pojem postupně vytlačuje starší pojem sekundární struktura. K nejrozšířenějším strukturním motivům patří:
  • α-helix. U některých globulárních bílkovin (např. hemoglobin) může až 75 % peptidového řetězce zaujímat tuto strukturu. V bílkovinách, zejména pak strukturních (např. kolageny) mohou existovat i jiné typy helixů.
  • β-struktura, další z běžných typů periodických struktur. Peptidový řetězec probíhá více-méně lineárně, přičemž postranní řetězce aminokyselin míří střídavě na jednu a druhou stranu. Tato struktura bývá stabilizována buď interakcí s α-helikálními úseky (tzv. supersekundární struktury, např. αβα) nebo s paralelně či antiparalelně probíhajícím polypeptidovým řetězcem (nebo řetězci) stejné konformace, s nímž je spojen vodíkovými můstky. Tak vznikají struktury zvané β-skládaný list (angl. β-pleated sheet); jejich plocha bývá různým způsobem zakřivena;
  • β-ohyb, angl. β-bend nebo β-turn, charakteristická struktura globulárních bílkovin, kdy se řetězec ohýbá do protisměru a stabilizuje se vodíkovým můstkempeptidovou vazbou, ležící o tři aminokyselinové zbytky dále;
  • zinkové prsty, jeden z charakteristických motivů bílkovin, vážících se na DNA; je stabilizován ionty Zn2+, které se na protein vážou prostřednictvím zbytků cysteinu nebo histidinu;
  • leucinový zip, motiv pomocí něhož některé bílkovinné molekuly dimerizují; je znám zejména u proteinů, vážících se na DNA. Vytvářejí jej dva α-helixy, u nichž je každý sedmý aminokyselinový zbytek leucin; tím na jedné straně helixu vzniká hydrofobní povrch a dva takové helixy mohou zprostředkovat reverzibilní hydrofobní vazbou dimerizaci podjednotek.
Existenci periodických strukturních motivů bílkovin postuloval L. C. Pauling, který v roce 1954 za výzkum povahy chemické vazby a aplikaci získaných poznatků pro určení struktury komplexních sloučenin získal Nobelovu cenu.

                                 

» Biochemický slovník