enzymy s geneticky odlišnou primární strukturou, produkované jedním organismem a vykazující stejnou substrátovou a účinkovou specifitu. Isoenzymy se mezi sebou liší fysikálně-chemickými
parametry (např. optimem teploty, teplotní stabilitou, isoelektrickým bodem, relativní molekulovou hmotností), funkčními vlastnostmi (odlišné hodnoty Michaelisovy konstanty a limitní rychlosti), buněčnou lokalisací (mitochondrie, cytoplasma) nebo distribucí mezi tkáněmi (např. srdce a játra). Na základě těchto a dalších odlišností lze isoenzymy oddělit, isolovat
a stanovit. V lékařství mají diagnostický význam; např. při poškození tkáně se v krevní plasmě objevují příslušné tkáňově specifické isoenzymy (srovnej pseudoisoenzymy).